Menurut tradisi, dewi matahari Amaterasu mendirikan Jepun pada abad ke-7 SM dan merupakan nenek moyang yang pertama dari maharaja, Jimmu. Sehingga hari ini maharaja dikenal sebagai "Anak Matahari," dan nama yang popular untuk negara ini adalah "Tanah Matahari Terbit." Bukti konkrit pertama yang memberi bukti penggunaan bendera matahari untuk Jepun bermula dari tahun 1184, tetapi ada tradisi lisan yang berabad-abad yang lalu.

Kuiz Menjelajah Jepun: Fakta atau Fiksyen? Jepun tidak pernah mengalami gempa bumi.

Bentuk bendera semasa secara rasmi diadopsi pada 5 Agustus 1854, ketika Jepun mulai terbuka untuk hubungan perdagangan dan diplomatik dengan negara-negara Eropah. Penggunaannya di darat hanya diterima perlahan oleh penduduk umum; penggunaan utama bendera pada masa awalnya adalah untuk mewakili kapal dan perkhidmatan diplomatik Jepun di luar negara. (Kapal-kapal angkatan laut diberi versi khusus, dengan sinar matahari di luar pusat yang lebih kecil dari mana sinar memanjang ke tepi bendera.) Spesifikasi untuk bendera dikeluarkan pada tahun 1870.

Kerana orang Jepun mempunyai pendekatan filosofis yang mendalam untuk reka bentuk grafik dari semua jenis, mereka menghargai bendera kebangsaan mereka untuk kesederhanaan, kontras yang mencolok, dan simbolisme yang sesuai. Simbol merah panas "panas" berbeza dengan latar putihnya yang "sejuk", dan bulatan matahari berbeza dengan segi empat tepat bendera itu sendiri. Tiang di mana ia mesti diangkat secara rasmi adalah buluh semula jadi yang kasar, sementara sirip di bahagian atas adalah bola emas berkilat. Untuk mengatur undang-undang bendera yang berasal dari abad ke-19, Diet (parlimen Jepun) secara resmi mengadopsi bendera nasional pada 13 Agustus 1999. Lagu kebangsaan ("Kimigayo") diberi pengakuan resmi pada waktu yang sama. Tindakan Diet itu kontroversial, disokong di Jepun oleh konservatif tetapi dikecam oleh pasifis,yang berpendapat bahawa simbol-simbol tersebut mengingatkan masa lalu militerisme Jepun dan penglibatannya dalam Perang Dunia II.